"上帝以祂芬芳的膏油膏抹了你， 不是叫你作王，乃是叫你摔跤；祂将 你流尽的一切眼泪，如纯净的水晶一般， 赐给与你同耕此土的年轻同工， 让他们佩戴如护身符。于是他人必将 从你的手、你的心和你勇敢的欢欣中， 把忍耐与劳苦，接到心上、接到手上。" ——勃朗宁夫人（E. B. Browning）
1818年11月10日，马六甲英华书院（Anglo-Chinese College）的奠基石由法夸尔上校（Colonel W. Farquhar）安放，总督塞森先生（Hon. J. S. T. Thyson）、槟榔屿（Penang）法官厄斯金先生（Hon. J. J. Erskine）、司法院（College of Justice）的成员及众多显要人士出席。米怜先生代表马礼逊博士（Dr. Morrison），发表了恰当的演说。书院的宗旨宣布为：中欧文学的相互栽培；其设施包括一座图书馆，藏有论述欧亚各国语言、历史、科学等的书籍；由欧洲汉学教授在中国籍助教的协助下传授知识；印刷所将以多种方式投入使用；还计划不久建成一座植物园，把东印度群岛的植物汇于一处。
书院向欧洲人开放，使他们得以在东方从事传道、经商、学术或公职，预备合用；也向来自华语国家的青年开放，愿受训在欧洲人手下或在基督教会中服事者均可入学。
马礼逊博士捐出一千英镑作为创办经费，并承诺五年内每年捐一百英镑作为维持费。此外，他对书院亦多有捐助，尤其在图书馆方面。另有一位绅士捐四千西班牙银元用于建楼，伦敦传道会（London Missionary Society）捐五百英镑，广州（Canton）的欧洲侨民捐五百英镑。一位朋友写道：
"我承认，这个计划远超我的期望。它仁慈开明至极，规模宏大；我们的捐款也当如此。请随时向我支取8420（即一百几尼）。 "信心盼望，世人或有分歧， "惟爱心关乎全人类； "上帝与自然如此连结万有之框架， "命自爱与博爱合而为一。"
马礼逊博士对这所书院的前景怀有光明灿烂的憧憬，言语无法形容。马六甲将不止是东方的雅典，更要成为东方的耶路撒冷。知识与属灵恩典的 streams 要从那里流出，直到中国世界全然成圣。
马六甲是欧洲人在亚洲最早的属地之一，在达·伽马（Vasco de Gama）成功绕过好望角后没几年，就被葡萄牙人攻占。他们没有为改善土著的道德状况做多少事。沙勿略（Francis Xavier）曾到访此地，他见证说，当地的基督徒与不信者之间唯一的区别，就是前者的恶行更多更甚。
后为英国人攻取；马六甲被选为马礼逊博士萦怀的大工最便利、最有前途的中心。
建成的书院是一座朴素坚固的建筑，长九十英尺，宽三十四英尺，前后有柱廊游廊，长一百零三英尺，宽十六英尺半。内部布置得当：一侧是中英文印刷所、学校及本地师傅、工人的宿舍等；另一侧是院长及其助手的住宅。面海的正面有一排番泻树（senna trees）遮荫，四周是规划整齐、耕种良好的园地。
起初创办者们大失所望，因为土著不肯送孩子入学，直到米怜先生不得已给每个孩子每周发一点小钱，才诱得他们来上学。土著渐渐习惯了书院的存在，也更了解主办者的精神，便多了信任，学校兴旺起来。在米怜先生在世期间，书院培养的学生人数在二十至六十之间浮动；其中有几位归信，成为始终如一的基督徒。印刷所不断推出书籍，其中不乏重要之作；期刊得以维持；并采取有力措施，使马六甲成为大规模基督教宣教的中心。
书院开办几年后，特别委员会主席梅杰里班克斯先生（Hon. C. Majoribanks）前来参观，他在记述此次参观的一篇饶有趣味的文章中说：
"我参观书院时，学生有三十多人。若经费更充裕，行善的机会必然更广。 "听到几乎每个孩子都能流利地用中文和英文朗读圣经，令人欣慰。 "许多人中英文书写俱佳，在算术、地理、地球仪的使用和通史方面都颇有造诣。 "马六甲农夫之子，竟能获得连中国皇帝之子都无缘享受的开明教育。"
1820年，米怜博士说："与差会有关的学校共有十三所，约有三百名儿童和青少年。"
归信的更深工作似乎也在一些人心中进行。
一位名叫梁发（Leang Afa）的本地印刷工人，兼任教员，已公开信奉基督，在表现出令人满意的真诚证据后，受洗加入教会。他为新约数卷作了解说并付印；蒙召受逼迫时，极有忍耐地忍受了。他的信心经受了丧失财产、鞭打和监禁的考验，至死持守。他在中国多地作布道工作，是伦敦传道会按立的第一位布道士。太平天国起义（Taeping rebellion）的领袖正是因读了梁发所写的小册子而认识了基督教，并在企图在中国建立其不伦不类的政权时，承认并宣扬了基督教的一些要素。
这部巨著《字典》的数卷此时已完成出版；1819年11月25日，马礼逊博士得以致函伦敦传道会干事们，报告他一生最大的目标、心头最大的盼望已经实现——这喜悦难以言表。整本圣经现已译成中文。
这大工的大部分理所当然由他承担；但自米怜先生掌握中文、能够效力以来，也提供了最有效、最甘心的服务。新约全书均为马礼逊博士所译，其中一部分以藏于大英博物馆（British Museum）的中文手稿为底本；旧约除申命记、约书亚记、士师记、撒母耳记、列王纪、历代志、以斯拉记、尼希米记、约伯记由米怜先生翻译外，其余均为他所译。
马礼逊博士在给差会的信中明确声明不求完全准确，只求为后世更完善的译本奠定基础。兹摘录信中数段，饶有趣味。他说：
"倘若马礼逊与米怜的圣经，在日后中国的某个时期，相对于更完善的译本，能居于如今威克里夫（Wickliff）或廷代尔（Tyndale）译本相对于我们现行英文译本的地位，那么许多人必将永远为这一尝试而感谢上帝；传道会与圣经公会也必不后悔为此目标已经支出、将来还要支出的经费。 "威克里夫的骸骨被掘出焚毁，至今尚不足五百年，主要罪名就是他翻译了圣经；廷代尔被刽子手勒死、再遭焚烧，至今尚不足三百年，罪名亦同。所谓威克里夫与廷代尔译本的不准确，正是一切反对翻译圣经之人的吹毛求疵之辞；英国国会颁令，将廷代尔'狡猾、虚假、不实'的新旧约译本的一切书籍即刻废除、禁止使用与收藏，至今不过二百七十七年。此等事发生未久，后来的译者若作品遭指摘定罪，亦不足为奇。 "詹姆斯王（King James）的译者有五十四人，在本国、君王的庇护下，把圣经译成他们当代的语言。我们的译本是两人、至多三人（包括那份手稿的作者）之作，在遥远的异国完成，译成的是一种外语、新学之语，是世上最难的语言之一，也是欧洲最少有人耕耘的语言。公允评判人工作者，不会忘记这些境况。 "我的翻译讲究忠实、明晰、简朴。常用词我优先选用，罕见典雅之词则舍去；异教哲学宗教中的术语，我一概避免。我宁可被视为文笔不雅，也不愿让人难懂。难解之处，我取我所能接触到的最庄重、最敬虔、最不偏激的神学家们所一致认同之义。 "为此任务，我带来了长期劳苦与离群索居中的忍耐；冷静无偏的判断，不迷恋新奇怪异，也不因一说古老便固执己见；以及，我希望有的，较为准确的思维方式，并怀着敬畏之心，深知误解上帝话语是何等可畏的责任。翻译圣经这样的书，这些品格或许与文法学识同样不可或缺。 "摩西、大卫和众先知，耶稣基督和祂的使徒，用他们自己的话，向这地的人民述说上帝奇妙的作为，这预示着——我盼望——在世界的这些地方，一个更幸福的时代即将迅速到来；我相信，异教怀疑主义的幽暗必被'从上头来的清晨日光'驱散，镀金的佛像和遍地的无数偶像，必有一日如大衮（Dagon）倒在约柜前一样，在上帝话语的大能面前仆倒在地。 "廷代尔被绑上火刑柱时，曾热切高声为亨利八世（Henry VIII.）祷告：'主啊，开英王的眼睛！'他的祷告似乎蒙了应允。愿我们为这大国的君王，也如此热切地献上同样的祈求。 "我用使徒的话结束此信：'末了，弟兄们，请为我们祷告，好叫主的道快快传开，得着荣耀，正如在你们中间一样。'"
欧美基督教差会的朋友们闻此大工告成，喜悦之情极为热烈。各方贺信如潮涌向马礼逊和米怜两位先生，格拉斯哥大学（University of Glasgow）授予米怜先生神学博士（D.D.）学位，人们向掌管他们劳苦的、施恩的上帝护理表达热切的感恩。伦敦传道会干事伯德牧师博士（Rev. G. Burder, D.D.）写道：
"这项艰巨的任务终于完成了。荣耀唯独归于祂——是祂赐下能力成就这大工，也唯有祂能使这大工达成其预定之目的——光照并更新人的心灵。愿荣耀归于祂，直到永永远远。 "但是，我亲爱的朋友，我们不该忘记、我们不会忘记、我们也没有忘记祂乐意为此大工所使用的辛劳工人。 "我们为你和你的助手米怜先生感谢祂。我们赞美上帝，祂在炎热的气候中保守你们的性命，维持你们心身的力量，留你们得见大工完成……反对者说什么，不必介意。工作已经完成，上帝必祝福它；当祂按各人所行的报应各人时，也必不忘记这信心的工作和爱心的劳苦。亲爱的先生，为你的出生、更为你的重生、更为你得蒙能力成就这大工，赞美上帝吧。你活着出版了一本中文圣经，可谓活得其所。感谢上帝，壮起胆来。"
药剂街，广州（APOTHECARY STREET, CANTON）。
英国圣经公会（British and Foreign Bible Society）的委员会也以同样感恩祝贺的口吻致函，并新拨一千英镑，助益译本的复制与流通。美国圣经公会（American Bible Society）委员会赠给马礼逊博士一部八开本最佳版本圣经，装帧华美，以表敬重与嘉许；美国公理会（American Board）致函表示最诚挚的感谢与祝贺。
此外，乔治·斯当东爵士（Sir George Staunton）及许多著名学者也致函祝贺，足见基督教世界对这一伟大成就的关注何等热切。
这项全心投入的任务既已完成，马礼逊博士便以不知疲倦的勤勉转向其他工作。阿伯丁大学（Aberdeen University）校长贝尔德牧师博士（Rev. Dr. Baird）曾致函他，询问中国穷人的情况。这促使他与东印度公司驻广州的外科医生李文斯顿医生（Dr. Livingstone）一起，关注遍布中国各城镇、人数众多的赤贫病患。瞎眼的、瘸腿的、长大麻风的，常挤满大街，却少有人关心怜悯。这些受苦者可悲的境况，唯有当时医学知识的极度蒙昧可与之相比。大街和市集上随处可见小摊，摆着晒干的植物药材出售；不辨病症，什么病都卖，有的甚至包治百病。广州的药铺号称有三百种药，实际常用的只有三十种，而一位名医主要只用一种，就是大黄。他姓王，"王"即"君王"之意，人们因他的用药戏称他为"大黄王"。
为应对这一触目惊心的弊端，马礼逊博士开办了一家诊所，为穷人提供诊治和药品，他每天亲自督理一两个小时，李文斯顿医生协助管理。他还购置了一套八百多卷的中文医书和齐全的中药，聘请了一位体面的中医师和药剂师，并不时请一位草药商（他把这位草药商的全部存货买下，供李文斯顿医生分析）来讲授他所采集售卖的各种草药的药性。
广州及附近各地的患病华人蜂拥至这家诊所，几个月内已有数千病例得到诊治，成效喜人。这家诊所可视为后来众多类似机构的先驱；这些机构与东方基督教差会相连，日益证明自己是基督教宣教事业不可分割的一部分。
在更重要的事务之余，马礼逊博士还抽空付印了几种实用的小书。一本是对比中国异教与基督教原理的小册子；一本是《环球航行记》（"A Voyage Round the World"），意在开阔中国人对人类、尤其是对基督徒和实践信仰的见识；第三本是英国国教会（Church of England）早晚祷文及诗篇的译文。祈祷书与讲道集公会（Prayer Book and Homily Society）订购了此书两千册，分发给中国人。
1820年4月23日，马礼逊夫人（Mrs. Morrison）健康大为好转，携两个孩子乘伊利侯爵夫人号（Marchioness of Ely）启程，与在中国的丈夫团聚。8月23日，他在澳门（Macao）迎接他们，万分喜悦，与家人共度了几周蒙福的团聚时光。然后他不得不离开他们，重返广州履行公务。
与此同时，米怜博士全身心投入马六甲书院的管理和其他传道工作，投入之深，远超他本就不甚强健的体质所能承受。劳苦中他经历了许多试炼，但1819年3月，他蒙召忍受人世间最严酷的试炼。死神已先夺去他两个心爱的孩子，如今他心爱的伴侣也被从身边召去。她在完全的平安和对荣耀不朽的十足盼望中去世。丧妻丧子的丈夫和父亲深感这些试炼之苦。从米怜夫人离世到他自己去世，他的日记常常被泪水浸湿模糊。他写道：
"哦，拉结（Rachel）！拉结！……你以一切可能的纽带与我相系、为我所珍爱！但我会努力不为你悲伤，正如你离世前屡次嘱咐我的。我要努力珍藏你美德与言语的回忆，教导给你留在世上的亲爱孩子们。'耶和华赏赐的，耶和华又收取；耶和华的名是应当称颂的。'"
从此他继续劳作，心头沉甸甸地挂念着四个幸存的孩子。书院的开支和困难，也足以让马礼逊博士和他深感忧虑。富有的东印度公司曾承诺每年捐一千二百银元作为维持费，但本廷克勋爵（Lord William Bentinck）出任印度总督后，这笔津贴被撤销。然而，公司在华特别委员会（Select Committee）的成员们深信书院之卓越，联名致函马礼逊博士，对此举深表遗憾，并表示他们决定自行补足这笔款项，使书院能继续为东方造福。
此时，伦敦传道会又派出几位传教士，前往巴达维亚（Batavia）、槟榔屿、新加坡（Singapore）和马六甲工作；一位经验丰富的印刷工人也抵达马六甲，协助米怜博士把基督教文字撒遍各殖民地。
1821年春，马礼逊博士回到澳门，得以短暂享受家庭生活的甜蜜与安息。但一片乌云笼罩着这个家庭，一时阴霾密布。他不久便不得不给岳父莫顿先生（Mr. Morton）写了这样一封信：
"我亲爱的玛丽，自上次抵达中国以来，身体一直非常好，很少需要求医。 "我们住得很舒适，澳门海边屋前有一片空地，我和孩子们每天傍晚在那里愉快地散步。 "然后，家庭祷告之后，我们围桌而坐，各做有益或有趣的事。 "我的玛丽恬静愉快地为即将出生的宝宝做衣服，把家里收拾得井井有条；即便如此，她每晚就寝、每晨起身劳作之前，必读相当篇幅的圣经；自她来中国后，我相信她把米尔纳（Milner）的《教会史》（Church History）差不多读完了，深觉造就。"
6月8日，她突然病倒；尽管医生、丈夫和朋友们竭尽了人力与情爱所能想的一切办法，她仍在10日（周日）傍晚死在丈夫怀中。
马礼逊博士想把她葬在小儿子詹姆斯（James）墓旁——孩子的遗体葬在山间一座坟墓里；但中国人不许重开坟墓。天主教徒不许新教徒的遗骨安息在他们的墓地，于是英国商馆（English Factory）委员会购置了一块约值一千英镑的土地，作为新教徒墓地，马礼逊夫人的遗体便恭敬地安放在那里。
这一打击对马礼逊博士来得如此突然、如此沉痛，荒凉之感如此可怕，他仿佛被击昏、瘫痪了一般。他的健康和精神在相当长的时间里受到影响；他虽勤勉履行公务、为完成《字典》热情不减地工作，但平日种类繁多、数量庞大的通信，缩减到只与最亲近的亲人往来。公务需要他去广州时，他带儿子同往，把女儿托付给在澳门的好友李文斯顿医生夫妇（Dr. and Mrs. Livingstone）照料，打算一有方便机会就把两个孩子都送回英国。
他抵达广州后，作为翻译和外交家的本领与手腕将受到严峻考验——英中当局之间爆发了一场冲突。一艘英国护卫舰上的几名水手，为取水登上了中国沿海附近的伶仃岛（Lintin）。他们虽未携带武器，却遭到一伙中国人的袭击，多人受伤。舰上派出一队人去保护他们，混战中两名中国人被打死。地方政府要求交出所谓"凶手"，依法处决。英方否认此案构成谋杀，拒绝要求。
双方各不相让，结果贸易受阻，两国关系紧张，广州英国商馆关闭，职员和货物都搬上船，双方摆出敌对姿态。一些中国商人对这场风波深感遗憾，尽力劝说英方稍作通融，以结束这场不幸的争执。他们甚至建议护卫舰的军官说，有两名水手失足落水，而这两人正是"凶手"，所以无法交出。他们本愿凭这样荒唐的故事让事情平息；但他们的骄傲不容他们承认人是英国人出于自卫打死的。英方寸步不让，尤其不肯交人——若交出，那些人必被绞死无疑。结果，双方耗费两个月进行令人疲惫恼人的文书往来，最后达成妥协：恢复友好关系、重开贸易，条件是英国政府对这场混战的情形进行彻底调查。
马礼逊先生在此次交涉中的贡献无可估量；交涉结束时，厄姆斯顿爵士（Sir James Urmston）起草了一份报告，其中有这样的话：
"在这场交涉的进程中——它把东印度公司的代表卷入了他们与中国人有过的最严重、最恼人、最折磨人的争论之一——马礼逊博士的热忱与努力从未松懈。 "他对中文书面语和口语的广博乃至超凡的知识，以及对中国政府体制、性情与意向的了解，使他能清楚透彻地领会其情感、观点与用意，也能识破地方官府公文以及公行商人（Hong merchants）的言辞论据中屡见的诡辩、两面派乃至虚假——后者一向是其政府与外国人之间的沟通渠道。 "对中文公文如此细致准确的洞察，对特别委员会至关重要，使他们能以恰当的形式、语言和精神起草给中方的文书与照会，以应对和抵挡两广总督（Viceroy of Canton）及其同僚的傲慢言辞、妄自尊大和无理要求。 "这些文书经马礼逊博士译成如此地道的中文，使中国政府不可能误解，甚至不可能假装误解东印度公司代表的感情、观点与决心；在与中国人的谈判或交涉中，这一点任何时候都极其重要。 "马礼逊博士宝贵的才能与服务，得到了那些人的充分理解与感激——这一次和以往多次，他都为他们巨大而重要的利益带来了实质性的助益。"
公司的船只回到各自泊位，贸易恢复，马礼逊博士安排孩子们回英国。女儿乘好船肯特号（Kent），由马洛尼夫妇（Mr. and Mrs. Maloney）照料，受到他们近乎父母般的慈爱。小儿子乘阿特拉斯号（Atlas），由外科医生迪尔先生（Mr. Dill）护送。马礼逊博士在给兄弟谈及孩子们启程的信中说："我愿我的孩子得到妥善照料，以朴素的方式养大，但最重要的是，及早教导他们敬畏主：这就是智慧。"
马礼逊博士回到澳门凄凉的家，以加倍的努力投入传道工作和《字典》的编纂。然而，他很快听到心爱的同工米怜博士健康衰败、病情危急的消息，深感忧虑；米怜的体力日渐衰退，热忱却似乎日益高涨。
两年多来，马六甲差会的事务几乎全落在他一人肩上。他与政府交涉，督理差会房产，主编《拾穗者》（the Gleaner），在书院授课，翻译小册子和书籍，并定期讲道。他的主要工作是翻译和撰写基督教书籍。他在旧约翻译中的分工前文已述；除此之外，他用中文或英文写了不少于十五种小册子，每种十至七十页不等，另有《以弗所书注释》全卷，和一部两卷本的精心之作《论灵魂》（"Essay on the Soul"）。他用中文出版的一些小册子，论受欢迎程度和切合具体需要的程度，无出其右。去世前不久，他回顾这些刻苦努力的成果时说：
"为我的力量而言，似已嫌多，若再加上照料家庭之责，更是如此。我谦卑地盼望，这些著作对上帝的教会已有益、将来也有益。 "但当我想到自己动机的不完全，以及其中属灵情感的迟钝与缺乏，我便不由得用先知的话说：'甚多，且甚枯干。' "它们几乎像是死的工夫。我有祸了！我有祸了！我这死的灵魂啊！主啊，使它与你相亲，这便赐生命给我一切的劳苦。"
在繁重的劳苦中，他的健康垮了；他多次预感危险，之后又部分恢复。大量咯血显示肺部有病，但后来查明病灶在肝脏。他乘船去槟榔屿，希望恢复健康；但换地方毫无益处，他精疲力竭地回到马六甲，只愿死在岗位上。他在那里平静地进入安息与奖赏，与忠心的伴侣重聚，留下四个孩子，成了完全的孤儿，一无所有地投靠上帝为父。
他曾从槟榔屿写信给新近丧偶的朋友马礼逊博士；1822年6月3日，马礼逊写了如下回信：
"我已收到你从槟榔屿寄来的信，对信中令人难过的消息深感遗憾。愿上帝保全你的性命、恢复你的健康！我终日悲伤——是个无用的仆人；主啊，可怜我！ "阿兴（Aheen）从广州来信说，他已知罪，愿被世人的救主洗净，以此为记，问可否受洗。 "阿三（Asam）似乎明白了福音的大要，说他相信。 "我真盼望阿兴是真诚的：他一向骄傲，又是个自命不凡的读书人（Tih-shoo-jin），若非确有其事，他断不会说自己知罪、想要得救。 "他寡言少语，天性冷淡。若他如今真的仰望救主，就为上帝赐给我这不配之人一点微小劳苦的果子而赞美祂！ "唉！我写这些，心中害怕你已在书信所不能及之处。"
他果然已在书信所不能及之处。6月2日，这位来自苏格兰山丘的牧羊少年——凭着分别为圣的劳苦，成为博学而成功的开荒传教士——年仅三十七岁，被召回永恒的家乡。
自5月24日他从槟榔屿回来那天起，凡见他的人都看出，他有益而劳苦的一生即将结束。但他已开始几项工作，对异教徒和后来的传教士都有望有益，他切愿蒙保守活着完成它们。然而事与愿违。他的病迅速加重，痛苦危险。说话对他极其痛苦，除了料理自己的事务或他负责的机构的事务，他很少开口。临终时，他表达了借耶稣功劳得救的坚定信心，比前一段时间显得安详。朋友们以为这是病情好转，实则是精力耗尽；不久，他便无挣扎、无呻吟地离世了。遗体从英华书院抬到荷兰人墓地，安放在他为妻子儿女预备的墓穴中。葬礼有众多本地人和外国人参加。政府官员、外国传教士、荷兰教会成员、马六甲多数体面居民，以及数百名华人和马来人，都到场向他表示敬意与追思。
马礼逊博士用下面这些恰当的话总结了他的品格：
"米怜博士天性似乎有一颗非常热烈、急切、坚定的心，又因温和的举止而柔和；这心归正、从撒但转向神之后，仍保留天生的热烈与急切，只是转向了与从前全然不同的新目标。 "他如今深信，传道事业就是天国的事业，水火都不能阻挡他前行。 "他以勇气和忠诚服事了十年；然后，因有益的劳苦和艰辛的服事而耗尽，死在岗位上。"
此时，马礼逊博士正筹划回英国一行，探望老朋友和亲人，享受一次当之无愧的休假。但闻米怜博士去世的消息，他暂且放下休假之念，决意前往马六甲，安排差会和书院今后的工作。他还以一贯的仁慈，决定收养小罗伯特·米怜（Robert Milne）为义子——孩子以他的名字命名——与自己的孩子一同供养教育。
这一年11月，广州西边、欧洲商馆以北约一英里处发生火灾。大火猛烈燃烧数日，向西烧毁一英里半内的所有建筑，直到无房可烧才停。数千间华人店铺民房被毁，损失财产价值数百万英镑。东印度公司的损失估计达一百万；火灾、恐慌、踩踏和残暴匪徒袭击造成的生命损失，惨不忍睹。这对马礼逊博士是额外的试炼：他在火灾中损失了许多财产，尤其是一批价值一百英镑的纸张，原要运往马六甲印新版新约。
1823年1月17日，马礼逊博士离开广州前往马六甲，同月29日在新加坡登陆——当时新加坡是马来群岛上新建的英国属地。副总督斯坦福·莱佛士爵士（Sir T. Stamford Raffles）热情接待了他。两人志趣相投；访问期间，他们就促进殖民地和马来人福祉的几个议题进行了恳切的商讨。会谈的结果是决定在新加坡建立一所与马六甲书院类似的学府；因后者属荷兰政府管辖，决定将两所并入同一管理之下，统称新加坡书院（The Singapore Institution）。召集了属地主要居民开会，提案提交讨论。决定采纳该方案：马六甲书院照常办学，保留其特色科系；新学府则开设老书院未能涵盖的知识科学分支。随后募得慷慨捐款。马礼逊博士被任命为副院长，认捐一千五百多银元，此外还花了更多钱开垦政府拨给的一块地。
2月1日，他抵达马六甲，发现一切健康向荣、充满希望。他说："书院和本地学生令我大感满意。中国学生用路德的曲调唱第一百篇诗篇，中文歌词由我以前的助手郭先生（Kó-Seen-sang）所作。
"见我亲爱的威廉善用了我的中文书籍和我的资金，又见敬拜上帝不受官府干涉，这一切令我心中大感欣慰。
"哦，我当何等感恩！"
他任命高立牧师（Rev. David Collie）填补书院院长空缺；高立于1822年由伦敦传道会派出，在学习中文方面表现出非凡的天赋。高立先生以出色的能力履行院长职责，直到1828年去世。
1823年因《英华字典》（Anglo-Chinese Dictionary）出版，成为马礼逊博士一生中值得纪念的一年；此书堪称他毕生的巨著。他为此耗费十六年；为编纂此书，他收集了约一万卷中文藏书。此书由东印度公司出资一万二千英镑出版。全书六大册四开本，每册大如家用圣经，共四千五百九十五页，收汉字四万。成就了如此惊人之工，他的名字举世闻名，不足为奇。各方对这部出版物的价值与重要性的见证纷至沓来。德累斯顿（Dresden）博学的东方学家蒙图奇博士（Dr. Montucci）说："我敢断言，马礼逊博士这十年间出版的卷册，对欧洲学生之有用，远胜上个世纪传教士们出版的一切印刷品和手稿。"巴黎的雷慕沙先生（M. Remusat）说："马礼逊博士的《英华字典》无与伦比，远超其他一切同类著作。"此书与其说是字典，不如说近乎百科全书；传记、历史、国俗、礼仪、制度的记述俯拾皆是，使它成为一切关乎中国生活与文学之事的信息宝库。
马礼逊博士在1823年11月10日的信中写道："阿发（Afh）——我们亲爱的米怜为他施洗的——已带领妻子信奉基督教，并打算带小儿子来受洗。"20日他又写道："今日梁发（Leang Afa），我们的中国同道，带来他的儿子梁进德（Leang-tsin-tih，意为'进德'），奉父、子、圣灵的名给他施洗。
"愿这个小小的基督徒家庭，成为在这异教之地传播真理的器皿！"
此时，马礼逊博士觉得可以实现自己久悬的愿望：回故乡一行，与远方心爱的朋友们短暂重聚。于是他致函东印度公司特别委员会：
"我在中国已十六年，久坐案头，从事翻译、编纂华英字典及其他著作，现感到体质因缺乏身体锻炼而受影响，决定利用尊贵的董事会（the Honourable the Court of Directors）慷慨给予的许可，携若干津贴回英国一行。 "我打算乘奥尔塞杰船长（Captain Alsager）的滑铁卢号（Waterloo）前往；将于1823年12月底离开中国。 "1824年12月底，我拟离英，经孟加拉（Bengal）返回中国；如此可望于1825年8月在商馆复职。 "为增进英国的汉学，我打算把数千卷中文藏书带去英国并留在那里；请求委员会批准我将这批书装上滑铁卢号。 "若委员会能授权我在抵英后，于英国支取离任期间津贴中他们认为合适的部分，将给我带来极大方便，我亦视为恩惠。"
特别委员会欣然应允他的一切请求。1823年12月初，他乘公司的滑铁卢号启程，1824年3月抵达英国；同行有一名与他生活多年、信仰始终如一的中国仆人。离华时他有一大憾事：未能留下一位传教士在广州或澳门继续他的工作。他曾恳切请求英美各差会派一位助手，以便在他去世后接续，但至今未有安排。于是他按立梁发（Leang Afa）为布道士。梁发持守美好的见证已有八年，现受委派，趁机在广州同胞中开展属灵工作。