"重任自有大才当， "上帝把美德、性情、悟性、品味赐给世人， "助他踏入人生，恰落入为他预定的位置。" ——考珀（Cowper）
马礼逊先生（Mr. Morrison）在预备中勤奋努力，他的志向也越来越明确、坚定。进入长老会（Presbyterian Church）牧职的路没有打开，他的思想便转向了公理会神学院——当时名为霍克斯顿学院（Hoxton Academy），后来改称海伯里学院（Highbury College）。下面两段摘录表明，他的灵魂既渴望在属神的生命中长进，也渴望走上牧职之路：
"有福的耶稣啊，我长久以来为我不朽的灵魂寻求安息，一时在肉体的情欲里放纵，一时又在心思的情欲里放纵。我年幼时，曾与醉酒的人、犯安息日的人、亵渎的人为伴；但在这些事上，我的心责备我，我没有安息。后来我以学问和书籍为我的神；但一切，一切都是虚空。我到你这里来：凡劳苦担重担的人，可以到我这里来，我就使你们得安息。我因追寻幸福而徒劳疲乏，又因负罪感而沉重不堪，耶稣，上帝的儿子，我到你这里来，使我得着舒畅，除去我的重担。
"耶稣，我的主！你拥有那充满永恒上帝的一切！ "哦！求使我疲乏的灵魂得安息， "除去我的罪——那沉重的重担。"
1802年9月25日，他这样写道："今天，我写信去询问关于霍克斯顿学院的一些事。值此一天将尽，我该说什么呢？主啊，求你赦免我的罪，在你数点宝贝的那日，使我属你；在上帝藉耶稣基督审判人隐秘事的那日，也求你如此。你要专心仰赖耶和华，不可倚靠自己的聪明。在你一切所行的事上都要认定他，他必指引你的路。你要尽心、尽性、尽意爱主你的上帝。这是诫命中的第一，且是最大的。"
11月24日，他正式申请入学。他的信详尽叙述了他早年的宗教感动和归向上帝的经历，然后用下面几句话谈到他的教义立场和蒙召作传道人的呼召："一封信的篇幅不容我详述我的原则，或许只须说明：我在苏格兰教会（Church of Scotland）的教义中受教育，就是《威斯敏斯特信条》（Westminster Confession of Faith）所载的教义；就我目前所能查考的，我都是从原则上拥护这些教义。由此，我对洗礼圣礼的看法也就可知了。
"至于促使我渴望作传道人的动机，是这些：热切渴望在上帝美好的手中作器皿，使罪人从黑暗中归向光明，从撒但权下归向上帝；作器皿建造教会；既是切慕属灵的恩赐，就求多得造就教会的恩赐。我切慕作先知讲道，因为那作先知讲道的，是对人说，要造就、安慰、劝勉人；我还要说，这些经文不仅表达了我的动机，也包含我对当前所行之事的凭据，因为它们是使徒对哥林多教会的劝勉：'要切慕……多得造就教会的恩赐。你们要切慕作先知讲道。'
"然而，我愿意顺服我天父的引导。他最知道，必拣选并使用他认为合适的器皿。愿他的旨意成就。"他随即被委员会接纳，并被召往伦敦，1803年1月6日抵达。
当时霍克斯顿学院由辛普森博士牧师（Rev. Dr. Simpson）和W.阿特金森牧师（Rev. W. Atkinson）主持，马礼逊在学生中找到了意气相投的伙伴：后来成为哈克尼（Hackney）的H.F.伯德牧师博士（Rev. H. F. Burder, D.D.）、曼彻斯特（Manchester）的J.克卢尼博士（J. Clunie, LL.D.）、斯特普尼（Stepney）的J.弗莱彻博士（J. Fletcher, D.D.）和埃克塞特（Exeter）的G.佩恩先生（G. Payne, LL.D.）。他与他们都保持着坚定的友谊，与前两位更一直亲密无间，直到去世。
他在学院刚安顿下来，一场深深触动他心灵的试炼就临到了。他的父亲身体虚弱已有一段时间，家里的生意很大程度上靠罗伯特的操劳支撑。父亲病情加重，一封恳切而慈爱的召唤信寄来，要儿子回家，重操旧业。他的心太坚定了，对新呼召的热忱太迫切，不容他这样做，于是他写了一封回信，字里行间充满柔情与孝心，却也表明了他追求神圣呼召的不可更改的决心。1803年2月5日，他写道：
"尊敬的父亲、兄弟和姐妹们：上月19日来信收到。得知父亲的腿疾越来越重，我很挂心；但我能做什么呢？我仰望我的上帝，也是我父亲的上帝。他所行的无不美善，万事都互相效力，叫爱他的人得益处。父亲、兄弟、姐妹们，我把你们和我自己都交托给他，我信他顾念我们。我们的日子岂不是很少吗？我却愿，若主愿意，他赐你们所需用的，使你们在世寄居的短短日子里，行事为人诚实，端正可取。我信他必如此；愿主以丰盛的救恩、恩典和知识祝福你们。你们劝我回家。我感谢你们的美意；愿主为此祝福你们。但我没有意愿回去；既已手扶着犁，我就不愿向后看。主既喜悦使我一路亨通，又使我在这些人眼前蒙恩。"他的家人仍不满意他的决定，这对他来说是个痛苦的话题；但他从未一刻偏离他坚信的神圣本分，他的父亲、兄弟和姐妹都活得够长，亲眼看见他在所选的道路上是蒙上帝护理引导的。
他到伦敦不久，就去拜访了沃博士牧师（Rev. Dr. Waugh）——一位敬虔热忱、性情慈爱的牧师，当时在牛津街韦尔斯街（Wells Street, Oxford Street）主持一间大教会。他被接纳为会友，不久后在圣路加济贫院（St. Luke's Workhouse）讲了第一篇道，从此常在伦敦周围的乡村讲道。他也找到许多机会探望穷人和病人，一如他在纽卡斯尔（Newcastle）养成的习惯。他在霍克斯顿孜孜不倦地攻读，上面提到的同学们都留下了热情洋溢的见证，述说他在心智和属灵追求上的热切。克卢尼博士（Dr. Clunie）用这些话总结了他对马礼逊学院生活的详尽描述：
"他是最模范的学生，总以出类拔萃为目标，即使在某些他似乎很不擅长的学科上也是如此。但他倚靠以求成功的，不是自己任何努力——无论多么勤奋恒久——而是上帝的赐福。因此，很少有人像他那样深深进入路德那句伟大的格言：'善祷者善学'；可以说得很公道，祷告是他灵魂乐意呼吸的空气。虽然当时很少有人料到，他这么快就被召去承担一个可以想象的最艰巨、最重要的岗位，或他会在其中达到如此卓越的境地，赢得基督教会各界和全社会的钦佩，但回想他在霍克斯顿勤奋奉献的历程，就不能不清晰地认出他未来一切成功的萌芽。别人或许有更出众的才华、更丰富的想象、更吸引人的讲道风度或更优雅的举止，但我相信我可以说，没有人像他那样，把道德伟大的三要素——最热切的敬虔、不懈的勤奋和在至善事业中的奉献热忱——如此完满地集中于一身。"
他在学院待了不久，在家时偶尔兴起的海外宣教之愿，就成了他灵魂中明确而主导的志向。他把这志向告诉了学院的导师和司库。他们向他陈明这工作的艰巨，也陈明他在本土工场大有用武之地的特殊机会，并许他到苏格兰一所大学受训的优待。他们劝他好好祷告、慎重思想。他欣然采纳了这劝告，结果志向更加坚定；1804年5月27日，他写信给当时伦敦传道会（London Missionary Society）考试委员会主席沃博士（Rev. A. Waugh）——就是上面提到的沃博士牧师——自荐到海外工场劳作。他的信常被称作典范之作，简述了他归主的事实、渴望进入牧职的心愿，以及对宣教工作日益增长的兴趣。他说：
"我最初的心愿就是作宣教士。这是我的祷告的负担。我向朋友们表明过这心志。我坦白承认，我来霍克斯顿时心里就是这个愿望；若有人问我，我也会这样表白。我无意隐瞒；但当时我自认不配，又相信学问是必需的。我不知道有宣教士学院这回事。我仍怀着作宣教士的愿望，但认为下决断为时过早，因此进入霍克斯顿的根基课程。我知道耶稣愿意他的福音传到全世界，主所救赎的人要从各族、各方、各民中聚集出来；又记起耶稣的命令：你们往普天下去，传福音给万民听。我认为，作为圣职的候选人，我有责任应征到最需要工人的岗位。乡下的亲人们和城里的朋友、恩人们都劝我打消这念头，告诉我将要遇到的困难，又许我留在本土的种种好处。我思想了这些事，祷告求主引导我，使我计算代价，免得作愚昧的盖楼者。我对自己极不放心，唯恐我爱耶稣的心不够坚强，不能带我走过全程。但仰赖他爱我，我现在，先生，已经拿定主意，若主愿意，就撇下一切跟从他，为选民的缘故费财费力，使他们得着在基督耶稣里的救恩和永远的荣耀。"
下这决心时，他与家乡亲人经历了痛苦的挣扎，他们强烈反对。他用最温柔慈爱的言辞向父亲陈明这事，愿意放弃这志向，"若我父亲或其他朋友能提出叫我不走这一步的理由，使我在临终的床上心满意足"。这样的理由没有提出；但从他写给挚友卡斯伯特·亨德森（Cuthbert Henderson）的信中摘出的这些话，可以想象他心灵挣扎之剧烈：
"我兄弟托马斯（Thomas）来了一封信，叫我非常难过。他把父亲事务的处境描绘得那样令人忧心……然后指责我任性，说我能帮他们却不肯。难道我忍心看父亲的家这样陷入混乱吗？我自己，亲爱的兄弟，日复一日地流浪，哀悼一位缺席的主。我在天父掩面的隐退之下流浪，在自觉无知软弱之下流浪。我能做什么呢？多年来我日夜渴望、祷告、劳苦，盼望主成就的事，主已经喜悦地成就了；如今愿望得偿、祷告蒙应，难道我转身回去吗？哦，我的上帝，我向你举起我的灵魂。若我如今遇难便离弃他和他的工，将来在审判的日子，我怎能在耶稣面前站立得住呢？哦，我的朋友，求你祷告主除去我一切的罪，使我的道路在他面前平坦，使他亲近我宝贵不朽的灵魂；也求你为我兄弟和父亲祷告，我恳求你，我的好朋友，常去看望他们；愿主祝福你，藉着信保守你，直到永远的救恩。"
5月28日星期一，他在传道会董事会（Missionary Board）面前接受面谈。面谈非常满意，按惯例的第二次考试就免了。他当即被接纳，奉命前往当时由可敬的博格博士（Dr. Bogue）主持的戈斯波特（Gosport）宣教士学院。
他随即准备遵命前往。同学们在一场联合祷告会上，满怀深情地把他交托给"上帝特别的恩典"；被接纳后的那个星期三，他动身前往戈斯波特，受到了学院院长的热烈欢迎。他在那里只待了很短时间，他对这工作的胜任和预备很快就显明了；差派他到工场的安排也很快定下。有一段时间他对自己的去向全然不知，7月31日写信给克卢尼先生（Mr. Clunie）说：
"我未来的去向，我全然不知。正在酝酿派一个宣教团去中国。博格博士似乎很热衷此事。我曾想过去非洲内陆，到廷巴克图（Timbuctoo）。我把我的事交托给主。愿他为我在世界的某个角落开一扇有益的宣教工场之门，赐我灵魂作我的工价。"同时他也写信给姐姐汉娜（Hannah）："正在酝酿派我去中国宣教；不过，目前全然未定。我想过去非洲的廷巴克图。愿主带我到某个地方，在那里使我对人的灵魂大有用处。"
提到廷巴克图，或可用这样一个事实来解释：勇敢而不幸的旅行家蒙戈·帕克（Mungo Park）当时正筹划在那里建立一个英国居民点。当时正在商议派一位医生安德森先生（Mr. Anderson）去非洲，并派一位牧师宣教士同去。马礼逊先生似乎很想去；但传道会的委员会为他另有安排，起初打算派他去马六甲海峡（Malacca Straits）的槟榔屿（Prince of Wales Island）。他没有在不确定中等待太久，就被派往中国，并奉命着手学习中文的初步知识，预备自己把圣经翻译成中文。马礼逊先生始终坚信，派往中国是出于上帝的护理。他曾为这任命作特别而长久的祷告，甚至倾吐过一个真正使徒式的、忘我的祈求："愿上帝把他安置在宣教工场中困难最大、在人看来最无望克服的那个部分。"后来的事似乎表明，这祷告确实蒙了应允。
委员会作这任命时的想法是：所选的代理人前往中国，或设法住在中国本土，或在附近岛屿上找个避难所，在那里学习语言，着手翻译圣经。当时考虑的不过如此；等这事做成了，再考虑下一步。委员会的计划还包括派两三个人陪马礼逊先生同去；著名哈丁顿（Haddington）的约翰·布朗博士牧师（Rev. Dr. John Brown）的一位儿子确曾被选中，但他谢绝了邀请。后来又请范德肯普博士（Dr. Vanderkemp）离开非洲，前往中国主持宣教事工。这事也落了空。显然，上帝的护理正以人察觉不到的方式引导着传道会的行动。今天我们回头看，很明显，若派一队代理人去中国，必会招致当权者的恶毒反对，使福音的一切入门努力都归于徒然。因此马礼逊先生的任命就这样定了下来，没有找到同伴与他分担这事业的试炼与责任。
1805年8月，他离开戈斯波特前往伦敦，要学一些有用的天文和医学知识，也要把在伦敦所能学到的中文尽量学到手。他在圣巴塞洛缪医院（St. Bartholomew's Hospital）见习，听布莱尔博士（Dr. Blair）的医学讲座。他去格林威治（Greenwich），跟赫顿博士（Dr. Hutton）学天文。他住在主教门街（Bishopsgate Street），往返格林威治都是步行，带着各种数学仪器和其他器具，一路都在读书。他还聘请了一位当时住在伦敦的中文老师，名叫杨三德（Yang-Sam-Tak）。此人颇有学问，但性情暴烈、骄傲、专横。马礼逊先生被他凶暴专横的脾气大大试炼；但为了达到他的大目标，也为了这人本身——他极渴望这人的灵魂得救——他以惊人的忍耐容忍了他。有一次，马礼逊先生烧掉了一张三德写过汉字的纸。他已经把那些字背熟了，再用不着；但老师竟大怒，三天拒绝继续授课；为免再犯，学生此后写在一块锡片上，字用不着时就可以擦掉。令人欣慰的是，三德被学生的仁慈和忍耐感化，竟和他一起读圣经，也一同参加家庭敬拜——这是他从前嗤之以鼻的事。后来，他经马礼逊先生介绍，在霍恩（Hon，原文残缺，存疑）一位商人的货仓里谋得了一个很好的职位。
在大英博物馆（British Museum），北安普敦郡（Northamptonshire）朗巴克比（Long Buckby）公理会牧师W.莫斯利牧师（Rev. W. Moseley）发现了一份手稿，内含中文翻译的新约圣经的主要部分。那是一册对开本，误标为《四福音书中文版》（Evangelia Quatuor Sinice）。卷首空白页上有这样一段注："此抄本系1737年及1738年在广州（Canton），奉霍奇森先生（Mr. Hodgson）之命抄写，他说已经仔细校对，极为准确。1739年由汉斯·斯隆爵士准男爵（Sir Hans Sloane, Bart.）赠予他。"莫斯利先生因这一发现，发表了一篇论文，论"把圣经翻译出版成中文的重要性和可行性"。马礼逊先生对汉字稍有熟悉之后，就开始抄写这份手稿，也抄写皇家学会（Royal Society）藏有并借给他的一部拉丁文—中文词典手稿。凭着非凡的勤奋，他在伦敦居住的几个月里抄完了这些手稿，还热切地攻读前述其他学科，并参与许多实际的慈善工作。谈到这些为工作所做的预备，米怜博士（Dr. Milne）说："所学到的语言，后来证明用处不大。词典和《福音书合参》（Harmony of the Gospels）更有用。这些原是一些在华天主教传教士的作品。不知是何人、何时编成；但上帝的护理保存了它们，使之有用，这些作者应得的功劳，日后必归于他们。"
在这段预备期间，他的心深深牵挂着兄弟姐妹及其儿女的得救。他写了许多信给他们，洋溢着慈爱和对他们福祉的渴望。7月他回去探望他们作告别之访。朋友们围拢在他身边，流露出深厚的依恋，大大试炼他的决心，却丝毫没有动摇他。他在他们中间住了两星期，讲道十三次，探望了所有亲友，还南下到了爱丁堡（Edinburgh）和格拉斯哥（Glasgow）。然后他回到伦敦，预备出发。10月23日他写信给父亲：
"上星期二我见了董事们，委员会同意我搭第一班便船前往马德拉斯（Madras），再转往马六甲（Malacca），把行李留在那里，到广州（Canton）去看看能否安顿下来。若能，我就写信到马六甲取我的书；若不能，我就回来住在马六甲，那里有几千华人，我要在那里努力学语言，也要尽快向马来人（Malays）传福音。"12月23日，他又写信给兄弟托马斯："上次写信时，我还指望这时已经在去中国的路上了。我们的朋友们也确是这样打算的；但因哈德卡斯尔先生（Mr. Hardcastle）和考伊先生（Mr. Cowie）身体不适，必要的步骤被耽搁了。你要知道，我们的宣教士若没有东印度公司（East India Company）的明文许可，不能搭英国船去印度。他们曾为现今在加尔各答（Calcutta）附近塞兰坡（Serampore）的浸礼会（Baptist）宣教士申请许可，被拒绝了。我们现在在印度的宣教士都是搭外国中立船只去的。我们传道会从未向他们申请过许可，现在却打算为我申请。"
然而许可没有拿到。为他和两位同学戈登先生（Mr. Gordon）、李先生（Mr. Lee）——他们夫妇正要前往宣教工场的其他部分——订好了船位，搭乘雷米滕斯号（the Remittance）好船去纽约（New York），他到美洲后再按当时情形，或直往广州，或经印度转往，相机而行。临别故土在即，他的心情可从1807年1月2日的日记中看出："这是我一生中最重要的时期之一。主啊，若你的同在不与我同去，就不要领我上去。愿全能上帝的祝福伴随我，愿他同在的天使走在我前面。我不甚沮丧。今晚我努力回想我所寄望的一些应许。'不要害怕，因为我与你同在'浮上心头；又有'不要害怕，你这虫雅各'。愿我蒙恩，永远单单倚靠上帝的膀臂；除他以外，无人能扶持我。"
1807年1月8日，他在斯沃洛街苏格兰教会（Scotch Church, Swallow Street）被按立、分别为圣，投入他神圣而使徒的工作，与上面提到的两位宣教士一同按立。祷告、读经和劝勉由T.汤森牧师（Rev. T. Townsend）主持；G.伯德牧师博士（Rev. G. Burder, D.D.）向宣教士们提问；宣教士们告白了他们藉此承担要教导异教徒的庄严真理；然后由马礼逊先生敬爱的可敬牧者沃博士牧师（Rev. Dr. Waugh）献上按手奉献祷告；接着尼科尔博士牧师（Rev. Dr. Nicol）以《使徒行传》二十章17至27节作了感人的训勉；最后由C.巴克牧师（Rev. C. Buck）以祷告结束。这是一场深深感人、庄严的仪式，长久留在与会者心中，不仅因为可敬弟兄们令人难忘的讲道和祷告，更因为马礼逊先生以简单自然的方式述说自己的经历和信仰。
他向父亲、兄弟姐妹告别英格兰的信洋溢着慈爱之情，尤其牵挂那些尚未成为基督徒的人。他这样写信给姐姐汉娜："我亲爱的、亲爱的汉娜，为你的灵魂着想吧；把天堂和地狱、把垂死的救主摆在你面前。代我向你亲爱的伴侣问好；把这些话告诉他！一同跪下，流泪呼求上帝，靠着耶稣求怜悯。我打算明天，或最迟星期三早晨，去格雷夫森德（Gravesend）搭船去纽约。我身体很好，并不沮丧；离开你们我很难过，但我盼望并祷告（哦，愿上帝成就！）我们不久都要被带进永远的荣耀。可是，亲爱的汉娜，我为你担心，怕你还在未归正的光景中。原谅我，原谅我；我这样说不是严厉，乃是出于对你宝贵灵魂的爱。来就耶稣；来就耶稣。这事不做，别的都不值得挂心。"这种恳切的呼求，显出一位真正布道家和宣教士的灵。
在他向父亲的告别信中，他详述了为航程和安顿所作的安排："我有介绍信给纽约的许多基督徒朋友，他们会尽力为我在广州的美国商馆（American Factory）谋一个住处。传道会交给我150英镑的银元，不到中国不动用，因为我的船费已付。另外还有20英镑作日常开支。他们还给我200英镑的信用证，开给广州、马六甲和槟榔屿的人。训令要我相机行事，尽力全部或部分自给自足。可见，凡能想到的照顾都想到了，能做的预防都做了。"
马礼逊先生前往格雷夫森德，登上了将载他横渡大西洋的船。他心潮澎湃，写道："我独自一人；要独自前往。哦，愿我不是独自一人；愿我上帝美好的手在我身上，愿他同在的天使走在我前面！我离开亲友故土，目的是什么？我起初的目的，我信至今仍是：上帝的荣耀，藉着可怜罪人的得救。哦，愿我对上帝有信心！哦，愿我对那又大又宝贵的应许有坚强的信靠！"
1月31日星期六，他登船，驶出泰晤士河，向他所选的工场和呼召进发。