"有些人住在上帝近旁，正如我的右臂 与我亲近；他们于是行走世间， 身披全备的信心作铠甲，带着一种护符， 讥笑恐惧，把疑虑关在门外， 敢于挑战那不可能的事。" ——布莱基（Blackie）
马礼逊以传教士身份继续在澳门（Macao）——或在中国任何地方——居留，困难日益严重地包围了他，以至于他决定离开，前往槟城（Penang），在那里继续研习语言，直到重返中国的路打开为止。
他正在为启程做准备，神的护理却介入，拦住了他的去路。反对既来自中国人的嫉妒，也来自罗马天主教传教士的敌视，二者交织在一起；除此之外，商馆（the Factories）的一些高级雇员也表现出了坚决的反对。
那么可以想象，当1809年2月20日——他与莫顿小姐（Miss Morton）结婚的那一天——他收到请他担任东印度公司（East India Company）正式中文翻译的请求，年薪五百英镑时，他是何等惊讶。
如果有什么事实能充分证明他语言的造诣，以及他品格的审慎和始终如一，就是这一件了，最充分不过。
这份聘约决定了他的命运，也在很大程度上决定了基督教在华传道事业的未来。他不再需要启程去槟城了；无论澳门还是广州（Canton），都向他敞开，供他居住，也供他从事他一生的伟大事业。
到这时，马礼逊在语言上已颇有造诣：他编成了一部中文词汇书，英华文法和字典也取得了相当大的进展；此外，他还花了许多心力翻译新约圣经，正在缓慢地进行。
然而，他被中国助手的反复无常和坏脾气大大搅扰。一天傍晚，马礼逊独自在家时，其中一个助手竟从他背上撕下他的外衣，正要动手打他，主人叫来邻近的几位绅士相助才脱了险。杨三德（Yang-Sam-Tak）——专程来中国、受聘教他中文的人——打发走了他的另外两名助手，又以暴躁的脾气和专横的行事，给他带来极大的痛苦。
他仍不敢怨恨这种虐待，不然他可能连一个老师都留不住了。相反，他忍耐他们，与他们一同祷告，向他们讲解生命之道，日夜切望他们得救。那时他的房子十分破败，屋顶都塌了；他本来还想将就着住下去，只是房东把房租涨了三分之一，理由是他的房子"被变成了礼拜堂"。马礼逊只好另找住处。他生怕被澳门人注意到，从不出门散步，健康大受损害。他第一次敢在月夜沿着城边走到田野里，是和他的两位老师同去。实在说，他在澳门的处境岌岌可危，他时时紧绷着神经，唯恐一步走错就招来驱逐。这种严重的精神紧张使他本来体质就容易发作的剧烈头痛复发，还引发了其他疾病。与莫顿小姐的婚姻又在他别的试炼之外添了一样：婚后不久她的健康就开始衰退，从此成了终身的病人。还有一件失望的事来考验他：他的妻弟威廉·莫顿（William Morton）因身体虚弱，被迫放弃学业，放弃传教士的呼召，去寻找更适宜的气候。
东印度公司给他的这份聘约，无疑使他的心大得宽慰。他接受时，得到了伦敦传道会（London Missionary Society）董事会的全力赞同。
有些人责备他接受了一个世俗职务，其职责超出了他作为十字架传教士的神圣呼召。但这样的人似乎没有充分体会他处境的艰难。
接受这职务时，马礼逊立刻看到：他将获得熟悉语言的新便利，能留在国内，不致成为差会的负担；同时他既能完全尽到对公司的职责，又能把大部分时间用在他一生的事业上。后来事态的发展充分证明了这一步是对的。成为一家大而富有的公司的雇员，他立刻就得到了保护，免受土著的敌意和罗马天主教使者的骚扰。
他为向中国人传扬福音所采取的步骤，必然是最安静、最有限的。实在说，在中国的情势彻底改变之前，公开讲道从来不是差会的目的。
然而，马礼逊不能安歇，总要做点什么，把救恩之道传给周围的异教徒。他自己的老师和仆人是他最早的听众。安息日，他带去的中文《福音书合参》（the Harmony of the Gospel）就被读起来。英国人学中文的困难之大，使他很长时间都无法对基督教给出什么像样的介绍，也无法就中国人的虚假体系与他们辩论。
但他还是努力去做；一两个、有时四到十个中国人会被聚到里间，门紧紧锁上；然后传教士就有了传讲信息的机会。很长一段时间，这样做都没有什么鼓舞人心的结果来激励或奖赏他的信心。
1810年底，他写信给朋友约翰·克鲁尼牧师（Rev. John Clunie），述说自己的进展和处境，信如下：
"自我上次给你写信以来，我经历了相当多的患难；倒不是我自己，而是我亲爱的玛丽（Mary）。一种神经疾病剧烈地搅扰她的身心；感谢主，她现在稍好了些，我盼望她能恢复从前的健康与平安。在异国他乡，患难的担子格外沉重：没有亲爱的亲人相助，没有基督徒朋友安慰。我知道，心里完全平安的人，能忍受任何缺乏，或仅仅是身体的灾病；但心灵受伤，谁能承受呢？我每天的工作，和今年初上次给你写信时一样。
"那时我好像在广州。我在那里一直待到三月，为一件所谓杀害中国人的案子与中国政府交涉。我公开审问证人，大获喝彩；人人都惊讶，我来才两年，居然能用中文书写，还能用官话和土白交谈。因此，公司有三位雇员决心开始学中文，这个夏天我一直在当正式的中文老师。
"除了这三位，还有一位在这个国家住了二十年的绅士也来听；他们每天上课两小时；我的第五个学生是个荷兰青年，整天都待着。
"这个夏天，我为公司做了许多翻译，还常常和官府会商；遗憾地说，两样都不愉快。官府的人极其傲慢、专横、喧哗；有时三四个同时开口，声音大得像在吵架。我的老师郭先生（Kó Seen-sang）还和我在一起，助手卢亨（Low Heen）也在。
"我雇他印了一千本中文的《使徒行传》，他却纵容人家多收我二十五到三十英镑，超过了应付的价格。今天晚上他把这事告诉了我，承认了自己的错。这使我非常难过，因为我现在不能再信任他了。能有完全可以信赖的人，真是再好不过；但中国人不是这样。缺乏诚实是他们品格中普遍的特征；于是互相猜忌、耍小聪明、欺骗。"
此后不久，上面提到的《使徒行传》译本出版了。共印了一千本。印刷费贵得离谱，每本约半美元——后来整本新约的印刷单价也是这个价。但因为这被看作禁书，印刷的人冒了些风险，就指望得到相应的报酬；况且中国人觉得，在外国人身上用什么法子敲诈都可以。从琉球群岛（Lekyo）来中国进贡的三位使臣登陆时，获赠了此书；这本书也抓住一切机会，谨慎地流传出去。
马礼逊接着写了一篇小册子，叫《神道》（Shin-taou），即"论世界救赎的神圣教义"。这本小册子印了出来，发行一千本。然后他翻译了《路加福音》，也印了出来。他还编了一本《教理问答》（a Catechism），交给慕道的人。
这时，中国官府显然开始不安，因为帝国境内长久确立的宗教之外，另有宗教观点在传播；于是颁布上谕，禁止传授基督教，四名罗马天主教徒被逐出北京（Pekin）。这些举措使马礼逊在下一步行动上格外谨慎。
他的《中文语法》（Chinese Grammar）早已写好，但付印很不容易。
他把书稿呈给乔治·斯当东爵士（Sir George Staunton），爵士写了下面这些最恳切的赞许：
"《中文语法》一书奉还，多谢赐阅。
"我很乐意向你祝贺这部作品：无论从计划还是从执行看，它都将成为中文学习者最宝贵的收获。
"学中文的人再也不必在富尔蒙（Fourmont）、博耶（Boyer）等人的大部头里艰难跋涉了；那些书到头来还常常很不准确、残缺不全。因此我希望你早日付印。"
罗伯茨先生（Mr. Roberts）把这部《语法》送呈印度总督明托勋爵（Lord Minto），以求付印。因某种从未解释的原因，被压了近三年；然后在1815年，由东印度公司出资，在塞兰坡印刷所（Serampore Press）印了出来；对许多此前觉得学这门语言是太难的任务的人，它成了显著的帮助。
1812年，马礼逊的家事方面发生了几件大事。他良善敬虔的父亲去世了；两个兄弟也相继离世；女儿的出生，和受苦的妻子健康有望好转，使他得了安慰。
因乔治·斯当东爵士已调离中国，马礼逊的公务变得责任重大得多，年薪增至一千英镑，另有教师津贴、在公共餐桌上的席位和其他特权。
他的服务被说成价值极高；当特别委员会（the Select Committee）所做的任命请求东印度公司尊敬的董事会（the Honourable Court of Directors）批准时，董事会给了"一种勉强的同意"。这看似迟缓的同意，意思是：东印度公司的董事们，无论在英国还是在中国的，都认为把中国人变成基督徒是一种空想的事业，还担心这种努力可能有碍公司的商业利益。但马礼逊审慎而不张扬、却宝贵无比的劳苦，赢得了他们的敬重和钦佩，使他们以极大的信任待他。
他现在以新的热忱投入编纂《英华字典》（Anglo-Chinese Dictionary）的准备工作——一项艰巨的工程，要求熟悉中国古典文学，达到前所未有的程度，是任何英国人或欧洲人都不曾拥有的。
他寄往英国的三本《使徒行传》译本，在热心传道的人心里激起了极大的兴趣。伦敦传道会的董事们把一本呈给英国圣经公会（British and Foreign Bible Society），公会慷慨地拨款五百英镑，待译本完成时用于整本中文圣经的印刷；另一本拆了散页，分赠给英国各地传道会的朋友们。
在他们看来，这是福音终将征服整个异教帝国的第一个被证明的步骤，他们就欢喜。
在告诉他译本受到热烈欢迎的同一封信里，还传来了喜讯：终于，回应他屡次恳切的请求，一位同工已被派来分担他的劳苦。这位就是米怜先生（Mr. William Milne）——一位虔诚奉献到极点的青年，与他被派去的工作完全相称。
皇帝颁布的一道禁教上谕，现在使马礼逊的忧虑痛苦地被激起。他1812年4月2日写给差会的信中的下面这段摘录，会同时显出他的危险和他沉着的决心：
"约一个月前开出的上一班船，我写信给你们，附上我翻译的《路加福音》一本和一篇中文《救恩之道》（the Way of Salvation）小册子，盼望能平安送到你们手里。我现在附上一道中文上谕的译文，你们会看到，用中文印基督教的书成了死罪。然而我必须倚靠主向前。我们必一丝不苟地顺服政府，只要他们的法令不违背全能者所要求的。我必小心，不引政府注意。我虽深知自己的软弱，却不灰心，反而感恩，因为我最乐观的盼望都已超额实现。在灰心之中，已经证明了：在不很长的时间里学会这门语言、翻译圣经、并在中国印出来，都是可行的。我感谢那位神圣的上帝雇用我做这美好的工作；即使我不久离世，在我最后的时刻也必得喜乐。
基督教的未来确有充分的理由令人深感忧虑，从这道告示的下面一段就可见： "自今以后，欧洲人私自印书、设立传道人，以蛊惑众人，及受欧洲人委派、传其宗教、施名（即施洗）、扰乱众人的鞑靼人（Tartars）和中国人，当按此治罪：为首者处死。凡传其宗教而不至大扰、不至多人、又不施名者，入狱候斩；凡甘心跟从此宗教者，发配边疆，"等等。
差会的董事们在刊布这份逼迫文件时评论说： "我们欣慰地看到，我们这位在华传教士的心不因这道上谕而惊惶，他立志靠主的力量向前；我们欣然把他交托给主全能的看顾，深信眷顾中国的定期近了；到那时，这道上谕——目前它正起着最广泛的告示作用，宣告圣经已经出版，因而激起中国千百万人的好奇心去阅读——不仅要被撤销，还要有一道有利于基督教的上谕接踵而来。"
马礼逊正以极大的勤奋做翻译圣经和编纂字典的工作。他已印了大部分书信，也印了上面提到的《路加福音》；但他发现，编纂字典是一项严峻考验他耐心和资源的任务。
他又加了一卷《对话集》（Dialogues），附在那本仍在公司手里、等他们决定是否付印的《语法》之后。
他越来越渴望看到，他对那些能接触到的土著的心所下的功夫能有一些看得见的结果；他大得安慰，听说广州的一个中国衙役，因读了他出版的《救恩之道》小册子，人生得以改变；这本小册子是这个人偶然从一个亲戚的桌上拿起的。他曾是出了名的坏人——坏到在分发小册子的人看来，连一本都不配领。
他的改变被许多人注意到，但并没有使他成为基督徒。
其他微弱的成功迹象也开始在他眼前发亮。
他的中国助手们显然渐渐熟悉了神圣的真理，也相应地确信拜偶像的罪恶和荒谬。马礼逊日记中的几条记载似乎证明了这一点：
"10月11日，主日。
"讲浪子的比喻。
"我这边的人一如既往，专心听讲。
"晚上阿佐（A-Tso）读了小册子的一部分，讲解得令人满意。
"他把人原初的义误解为每个人出生的时候。阿福（A-Fo）也读了，试图用自己的话表达意思，却误解了大意。他提议主日和平时敬拜的时间都来。晚上我听孩子们背《问答》，读一章《路加福音》。
"照例以祷告散会。他们都似乎觉得拜偶像荒谬，郭先生似乎为此羞愧。
"真理似乎在某种程度上光照了他。
"前些天我问他，他认识的同胞中有没有人断言没有上帝。他没有直接回答，只说：天地万物都是祂造的，人怎么能断言没有呢？郭先生四十五岁。
"他父亲是位有品级的官员。他性情温和可亲，天资不错，一辈子都以教书为业。
"卢亨约三十岁，温和，但不诚实。
"他字写得好，抄写付印很有用。
"郭先生校订译稿。他们两人都尽本分，无所顾忌。"
阿福在查问圣经教义上显出越来越恳切，使他得了安慰。
郭先生对神圣的事表现出越来越大的兴趣；但最使他喜乐和得鼓励的，是那几个少年。
一天，阿福带来几尊偶像给他看。他嘱咐不要告诉他的同胞是他带来的，因为他们若知道了会非常生气。他们极力反对出卖或舍弃自己的偶像，怕偶像受辱。阿福说："至于我，我信耶稣（Yay-soo），听你讲拜木头、泥土等偶像的虚空。"1812年11月8日，阿福问起洗礼，表示愿意受洗，只要他哥哥不知道。
马礼逊设法向他解释：如果他的动机是出于谨慎，为避免引起官府对他的注意，那是可以的；但如果他以被称为基督徒为耻，那就不可以。别人走后，他留下来向传教士进一步请教，连续几周屡次请他和他一起祷告、为他祷告。
他渴望得救的心似乎是真诚的。
澳门的天主教主教（the Roman Catholic Bishop at Macao）发布绝罚令（anathema），针对一切与马礼逊来往、接受他的书、或向他供应中文书的人；但这对他的工作没有可察觉的影响。他这样报告自己为使土著归信所做的努力： "我设法用口头教导，把真理的知识传给几个人。[此处列十一人的名字。]这些人都以最严肃、最端庄的态度参加。
"在澳门，每逢安息日我都和上述的人一同敬拜。先祷告，然后读一段圣经——读我已印出的部分，或为那次特地译出的部分。我设法讲解并劝勉，最后以祷告和唱一首诗篇或圣诗结束。"
下面这段摘录是越来越认真的又一证据： "12月18日——郭先生回家主持儿子的婚礼好几天了，今天回来。晚上他又得回家。因此他请我早点做家庭祷告，好让他能参加；因为好几天没参加，他心里不安。我为这个心灵觉醒的迹象感谢上帝。主啊！求你藉着耶稣基督，把这工作进行到底，使他完全归正。"
正是在这时，马礼逊第一次向传道会董事会提出一个计划——几年后他得以在很大程度上实现——即在马六甲（Malacca）建立一所传道学院。他说： "我盼望我们在马六甲有一所机构，训练传教士——欧洲的和本地的，为恒河（the Ganges）以东各国预备。那里也要有那强大的利器——印刷所。
"福音最终的胜利，要藉本地传教士和圣经；在上帝之下，推动这一切的动力是欧洲的基督徒。我们的亚洲传道需要一个中心点，需要有组织的合作，需要一所印刷所，需要一个传教士委员会。这样的委员会既在异教之地从事传道工作，就有判断的凭据，这是从未离开过书房和书桌的英国人所没有的。他们懂得传教士的心。每件事的最终决定，仍归董事会。"
马礼逊的时间现在约在广州和澳门两地平分。他的妻子和幼女住在后者，他不得不痛苦地与她们半年分离。
公司驻华大班埃尔芬斯通先生（Mr. Elphinstone）请他担任牧师（chaplain）一职，附有薪俸。他说，这样做是为了改善他的处境，因为在澳门生活很贵。条件是马礼逊只读公祷文（Church Service），不讲道。他表示愿意在主日主持完整的礼拜，但谢绝了薪俸。除非这个职位能让他传讲耶稣的福音，他不能接受。这安排就此作罢。
这时在澳门出现了对福音新的反对。那里的政府是混合的，一半中国、一半葡萄牙。中国官府下令，不准再有欧洲人上岛居留。葡萄牙官府下令，除了与欧洲商馆有关的人，不准接纳这类人。循着这些指示，中国地方官发布告示，禁止任何中国人信奉基督教。
在马礼逊最早的恳求下，伦敦的差会已决定在爪哇（Java）设立传道站；那里有三千万居民，其中五十万是华人，正在迅速翻译印刷的圣经可以在他们中间自由分发。